Karantina sebenarnya berasal dari bahasa latin yaitu “Quadraginta” yang artinya 40. Angka 40 berasal dari peristiwa isolasi yang dilakukan terhadap penderita penyakit menular selama 40 hari agar tidak menyebar ke orang lain. Tahun 1348 lebih 60 juta penduduk dunia meninggal karena penyakit Pest (dulu dikenal peristiwa Black Death). Tahun 1377 di Roguasa dibuat suatu peraturan bahwa penumpang kapal dari daerah terjangkit pest harus diisolasi di suatu tempat di luar pelabuhan agar bebas dari penyakit tersebut. Ini adalah sejarah tindakan karantina yang pertama dilakukan. Tahun 1383 UU Karantina ditetapkan pertama kali di Marseille Prancis. Tahun 1911 di Indonesia penyakit pest muncul di Surabaya, tahun 1916 muncul pest di Semarang dan tahun 1923 pest muncul dengan masuk melalui pelabuhan Cirebon.
Kolonial Belanda kemudian menerbitkan Quarantine Ordonantie (Staatsblad Nomor 277 tahun 1911), dimana penanganan kesehatan di pelabuhan dilaksanakan oleh Haven Arts (Dokter Pelabuhan) di bawah Haven Master (Syahbandar). Pada waktu itu Haven Art hanya ada dua yaitu di Pulau Rubiah, Sabang dan di Pulau Onrust di Teluk Jakarta. Karantina Haji di Sabang difungsikan Belanda sebagai transit pulang pergi sedangkan Karantina Haji Teluk Jakarta lebih kepada penampungan jamaah haji yang pulang dengan kategori pemberontak, dimana di pulau tersebut juga terdapat penjara dengan beragam ceritanya.
Sebagai pusat kekarantinaan bagi jamaah haji, bangunan karantina haji Sabang tersebut memiliki peran utama dalam mengatur perjalanan ibadah haji bagi umat Islam Indonesia. Bangunan ini bukan hanya tempat transit, tetapi juga menjadi titik awal perjalanan spiritual yang bersejarah bagi ribuan jamaah haji setiap tahunnya. Dari sini, mereka memulai perjalanan menuju tanah suci dengan penuh harap dan keikhlasan.
Selain sebagai pusat kekarantinaan, bangunan tersebut juga dilengkapi dengan fasilitas kesehatan lengkap. Rumah sakit, klinik, dan apotek tersedia di dalam kompleks bangunan karantina untuk memberikan pelayanan medis yang dibutuhkan oleh jamaah haji. Dokter-dokter dan tenaga medis yang terlatih siap sedia untuk memberikan perawatan dan pengobatan kepada mereka yang membutuhkan.
Selain itu, bangunan karantina ini juga dilengkapi dengan fasilitas laundri dan kamar mandi. Sebagai tempat tinggal sementara, bangunan karantina dilengkapi dengan fasilitas penginapan yang nyaman dan aman. Kamar-kamar yang disediakan dilengkapi dengan fasilitas yang memadai untuk memastikan kenyamanan dan keamanan para jamaah haji selama masa kekarantinaan mereka. Tidak ketinggalan, bangunan karantina juga dilengkapi dengan fasilitas listrik dan kebutuhan dasar lainnya seperti air bersih dan makanan.